W przeciwieństwie do tego, zapalne szlaki genów lub rozwojowe szlaki raka rdzenia były znacząco obniżone (P <0,05), jak analizowano za pomocą analizy szlaku (Suplementowa Figura 7E). Figura 7hSTAT5BN642H prowokuje zasadnicze zmiany w ekspresji genów, którym towarzyszą specyficzne zmiany w metylacji DNA komórek T CD8 +. (A) Mapa cieplna pokazująca liczbę Z transformowanych przez rlog i amplifikowanych wielkości bibliotek bibliotek. Znormalizowanych zliczeń genów w górę regulowanych (czerwony) lub obniżonych (niebieski) w komórkach T hSTAT5B lub hSTAT5BN642H i WT CD8 + (skorygowane względem FDR P <0,05). Analizy obejmowały 13-tygodniowe myszy WT (n = 5), hSTAT5B (n = 4) i myszy hSTAT5BN642H (n = 5). Każda kolumna w mapie cieplnej reprezentuje dane z komórek T CD8 + od myszy o danym genotypie, a każdy rząd reprezentuje dane dla danego genu. (B) Wzbogacenie blot sygnatury ekspresji chłoniaka T CD8 +. Blot kodu kreskowego wskazuje pozycję genu w zestawie genów. Kolory czerwony i niebieski przedstawiają odpowiednio dodatnie i ujemne korelacje Pearsona z limfocytami T CD8 + hSTAT5BN642H. Zestaw genów uzyskano z opublikowanych cytotoksycznych komórek T z sygnaturą genu (43, 44). (C) Najbogatsze zestawy genów to wyniki GSEA, w tym cel E2F, punkt kontrolny G2M, cel MYC i progresja cyklu komórkowego w limfocytach T CD8 + hSTAT5BN642H. Wartości P w B i C określono za pomocą testu Kołmogorowa-Smirnowa. (D) Wykres rozrzutu kontrastujący średnie poziomy metylacji DNA w komórkach T zmutowanych z WT i hSTAT5BN642H we wszystkich CGI pokrytych co najmniej próbką na genotyp (n = 15 209). Gęstość punktów danych w każdym obszarze wykresu wskazuje intensywność barwy, a CGI o niższej metylacji DNA w komórkach WT (n = 770) lub hSTAT5BN642H (n = 610) są oznaczone odpowiednio czarnymi i czerwonymi krzyżami (różnica bezwzględna. 5 punkty procentowe, n = 2 na genotyp). Analizy obejmowały 13-tygodniowe myszy. NES, znormalizowany wynik wzbogacania. Poza funkcją czynnika transkrypcyjnego, STAT5 może kształtować chromatynę poprzez oddziaływanie z innymi enzymami przebudowującymi chromatyny, takimi jak EZH2 (35, 45). Ponieważ zmiany w modelach metylacji DNA były ostatnio związane z chorobą nowotworową, a szczególnie z białaczką (46, 47), zastanawialiśmy się, czy dramatyczne zmiany obserwowane w profilach ekspresji komórek T CD8 + hSTAT5BN642H również będą odzwierciedlone przez zmiany w metyloomerze DNA. Stosując zredukowane sekwencjonowanie wodorosiarczynem (RRBS), stwierdziliśmy, że całkowita metylacja DNA przez wyspy CpG (CGI) pośród komórek hSTAT5BN642H i WT T była wysoce spójna (Pearson. Sr = 0,98), przy czym tylko 1380 CGI było zasadniczo różne (różnica bezwzględna. 5 punkty procentowe) (rysunek 7D) (48). Porównując limfocyty T WT i hSTAT5B CD8 +, stwierdziliśmy słabsze różnice i nakładanie się (Dodatkowa figura 8A). Łącząc analizę metylacji DNA z danymi o ekspresji mRNA, zidentyfikowaliśmy mały zestaw genów z zasadniczymi i zgodnymi zmianami w metylacji DNA i ekspresji genów w pobliżu różnicowo metylowanych CGI (dodatkowa Figura 8, B i C). Co ciekawe, geny o wyższej ekspresji w komórkach T hSTAT5BN642H i zgodnej utracie metylacji DNA w pobliskich CGI obejmowały mitotyczne białko punktu kontrolnego KNTC1 (49) i topoizomerazę onkogenu typu II. (TOP2A) (36, 50), o którym wiadomo, że reguluje strukturę topologiczną DNA i progresję cyklu komórkowego (dodatkowa Figura 8B, prawa, sektor II). Żaden z tych genów nie ulegał istotnemu wpływowi w komórkach T CD8 + hSTAT5B (dodatkowa postać 8B). Specyficzne zmiany metylacji DNA w hSTAT5BN642H ujawniają cele terapii. Analiza pokrywania się lokalizacji (LOLA) (51) regionów, które utraciły metylację w limfocytach T eksprymujących hSTAT5BN642H w porównaniu z komórkami WT ujawniła znaczące wzbogacenie w miejsca znane z wiązania białek EZH2 i / lub SUZ12
[więcej w: polipektomia, pecherzyca, płesznik ]
